I registi/autori di Matrix hanno contribuito a quest'operazione scrivendo i primi tre dei nove episodi presenti in Animatrix.
I nove cortometraggi sono diretti da alcuni tra i maggiori registi giapponesi di anime.
Ognuno di essi, di durata variabile, narra una storia diversa, è indipendente e realizzato con uno stile volutamente differente. Si va dalle scene simulate in grafica computerizzata del primo episodio (L'ultimo volo dell'Osiris), a cartoni animati dalla tecnica più tradizionale, fino ad esiti decisamente sperimentali come per l'ultimo episodio (Matriculated).
È riconoscibile inoltre l'influenza dell'arte giapponese. La costante risulta pertanto solo l'ispirazione diretta a Matrix e ai suoi temi: si può trattare di sviluppi di alcuni temi e/o di antefatti, ambientati nel passato o nel futuro rispetto al film.
In alcuni casi vengono citati i personaggi originali (in questi Keanu Reeves/Neo, Carrie-Anne Moss/Trinity, Clayton Watson/Kid hanno prestato la loro voce).
La colonna sonora ripropone anche temi tratti dal film.